Santiago, Endülüslü genç bir çobandır. Delik çatılı eski bir kilisede bir firavun incirinin dibinde uyurken sürekli
aynı rüyayı görmektedir: Mısır'daki piramitlerin eteğinde gömülü olan hazinenin rüyası. Gördüğü rüyanın gerçek olup olmadığını merak ederek falcı bir çingene kadına başvurur. Çingene rüyasının gerçek olduğunu söyler. Ve Eğer hazineyi bulursa yardımının karşılığında hazinenin onda birini ister. Santiago bunun üzerinde fazla durmaz. Bir gün, koyunlarının yününü sattığı Tarifa şehrinin yolunda onu tanıyormuş gibi görünen yaşlı bir adamla karşılaşır. Yaşlı adam kendini Salem kralı olarak tanıtır. Kendi menkıbesinin peşinde olduğunu bildiğini, rüyasının gerçek olduğunu ve ona yardım edeceğini söyler.
Yaşlı adam, Santiago’ya biri beyaz diğeri siyah olmak üzere iki adet gizemli taş verir ve siyah olanı “evet”, beyaz olanı “hayır” anlamını taşıyan bu taşları “zora düştüğün zamanlarda kullan ancak kendi kararını kendin vermeye çalış ama Tanrı’nın sana gödereceği simgelere saygılı ol” der. Santiago, büyücü ve yaşlı adamdan aldığı bilgilerle Mısır'a gitmeye karar verir ve sürüsünü satarak yola koyulur. Afrika'nın bir liman şehrinde kendisini turizm danışmanı olarak tanıtan bir çocukla tanışır. Mısır'a gidebilmek için çölün geçilmesi gereklidir ve deve almak için pazara giderler. Ama çocuk parayı alarak kaçar. Santiago bilmediği bir şehirde parasız pulsuz kalır. Herşeyini kaybeden Santiago kendisine işaretleri takip etmesini söyleyen kralın dediklerini hatırlar ve kendi menkıbesinin peşinden gitmeye karar verir. Yoluna devam edebilmek için billuriyeci dükkanına para kazanmak için girer. 6 ay burada çalışan Santiago yeterli parayı kazanır ve tekrar yola koyulur. Yolda bir ingilizle karşılaşır. Bu ingiliz kendi kişisel menkıbesi olan
Simyacı’yı bulup felsefe taşının gizemini keşfetmek için uğraşmaktadır; bunun için de onun da çölü geçmesi gerekmektedir.
İngilizle birlikte Feyyum şehrinden geçen bir kervana katılırlar. Kervan bir vahaya varır.
Santigo burada Fatima’ya raslar ve ona aşık olur. Her gün onu gömek için çeşmeye gider. Fakat kabileler arasında bir savaş vardır ve burada kalmak zorundadırlar. İngiliz, Simyacı’yı buralarda bulacağını düşünmeye başlamış ve Santiagonun yardımlarıyla onu aramaya halktan sormaya başlamıştır. İngiliz, Simyacı’ ya çölde rastlar fakat ondan öğrenebildiği tek şey ; önceden beri bildiğini uygulaması gerektiği olur. Santiago bir gün çölü seyrederken gözünün önünden bir silahlı grubun vahayı işgal ettiğini görür. Kervanın ileri gelenleriyle konuşur. Kervanın ileri gelenleri Santiago'nun haklı olabileceğini düşünüp önlem alırlar ve eğer yalan söylüyorsa öldürülmesine karar verirler. Simyacı Santiago’nun sabaha sağ çıkabilirse kendisini bulması için güneye gelmesini söyler ve kısa sürede ortalıktan kaybolur. Gece süvariler saldırır ama önlem alan vahanın sakinleri onları öldürürler ve Santiago’nun sayesinde tehlikeyi atlatmış olurlar.
Simyacı ve Santiago birlikte yola çıkarlar. Santiago çölün dilini öğrenmek zorundadır çünkü piramitler de çölün parçasıdır. Simyacı ona yüreğinin dilini öğretmeye çalışır. Çünkü bu sayede tek başına yolu bulabilecektir. Santiago, yüreğinin söylediklerini dikkatle dinleyerek çölde ilerlemesine devam eder. Simyacı ile pramitlerin yakınlarında bir manastıra kadar gelirler. Simyacı, "yüregin hazinenin olduğu yerdir." diyerek ondan ayrılır.
Sonunda kum tepesine ulaşır. Piramitler bütün heybetleriyle karşısındadır. Ansızın arkasından bir darbe ile yere yuvarlanır. İki eşkıya onu soyup öldürmek için saldırmıştır. Santiago neden orada olduğunu eşkıyalara anlatır. Eşkıyalardan biri onun tam bir salak olduğunu kendisinin de buna benzer bir rüya gördüğünü ama onun gibi ahmakça hareket etmediğini söyler. Böylece eşkıyalar onu serbest bırakırlar. Santiago Simyacı’nın haklı olduğunu, yüreğinin İspanya’da olduğunu anlar. Rüyayı gördüğü kiliseye giderek firavun incirinin dibini kazar ve hazinesine kavuşur.
Şimdi yüreğini tekrar dinler ve Fatima’yla evlenip onu ailesine tanıştırmak için tekrar Mısır’a hareket eder.