Charles Bovary'nin en büyük destekçisi annesidir. Annesinin desteğiyle çalışır ve Tostes de doktor olur. Doktor olan Charles’ı
dul bir kadınla evlendirirler. Bu kadın çirkin, yaşlı fakat zengindir. Bir gece Charles’ı kırılmış bir bacağı sarması için evinden gelip alırlar. Bertaux’a çiftliğe götürürler. Orada çiftlik sahibinin kızı Emma ile tanışan Charles, zamanla ona karşı ilgi duymaya başlar. Fakat karısı durumu sezince çiftliğe gitmeyi bırakır. Dul eşinin ölümünden sonra Emma ile evlenir.Emma, kilise eğitimi görmüş, yeniliğe ve değişikliğe meraklı bi kızdır. Piyona çalmayı, resim yapmayı, şarkı söylemeyi iyi bilen ve bunları yapmaktan çok büyük bir haz alan bir kızdır. Zaman geçtikçe Emma evlendiğine pişman olur. Ona göre Charles çok birşey bilmeyen, modayı ve gündemi takip etmeyen, çekiciliğ olmayan, yeterince okumayan, sanattan ve zevkten anlamayan biridir. Buna karşılık Emma, Charles’ı daima disiplinli, temiz ve sosyal yapmaya çalışmaktadır. Bu davranışları Charles’ın çok hoşuna gider ve Emma’ya daha fazla bağlanmasını sağlar. Birgün Anderbilles Marki’sinin ağzında yara çıktığı için Charles onu tedavi etmek amacıyla evine gider.Bovaryleri şatosuna çağırır. Emma daima ünü duyulmuş, herkes tarafından sevilen ve tanınan biriyle hayat sürmek istemiş fakat Charles ta böyle bir hırs görememiştir. Şatodan döndükten sonra Emma uzun süre tekrar şatoya çağırılmayı beklemiştir. Bu bekleyiş Emmanın psikolojisini ve sağlığını bozduğu için Charles ona değişik havanın iyi geleceğini düşünmüş ve onu alıp Yanville’ye taşınmışlardır. Orada Homais ve Leonla tanışırlar.Leon noter yazıcısı, Homais ise Eczacıdır. Emma’nın bu yeni yuvada Berthe adında bir kızı olur. Leonla aralarında gizliden gizliye başlayan aşktır. Fakat Leon bu gizli aşkı daha fazla sürdüremez ve Emma ile vedalaşarak Paris’e gider. Bu ayrılış Emma'yı o kadar mutsuz ederki adeta kan kusmaya, kimseyle konuşmamaya başlar. Tuhaf davranışlar sergilemeye, tarih ve felsefe kitapları okumaya, tuhaf eşarplar almaya başlar. Bu duruma çok üzülen Charles’ın annesi gelir. Fakat her ne kadar kitap okumasını engellesede onu tek bir kelime konuşmaya razı edemez. Günler böyle geçerken bir sabah kasabaya Radolphe Boulanger adında bir adam, arkasında köylüsünü de alarak doktora gelir. Radolphe yan villada şatosu ve çiftliği olan yakışıklı, zengin ve bekar bir adamdır. Köylüsünün hatalığı nedeniyle doktorun evine gelen Radolphe Emmaya aşık olur. İlerleyen zamanlarda bu aşkı Emmaya da söyler. Emma hastalığı tam iyileşmediği için nefes darlığı çekmektedir. Radolphe ise Charles’a Emma'nın ata binmesinin ona iyi geleceğini söyler. Fakat Charles’ların atı yoktur. Radolphe Charles’a kendi atı ile Emmayı gezdirmeyi teklif eder. Böylece beraber ormanda gezer ve gönül eğlendirirler. Hatta Emma Radolphe’nin şatosuna bile gitmeye başlar. Emma o kadar mutludurki ilk defa mutluluğun zirvelerinde dolaşmaktadır. Emma ile Radolphe kaçmaya karar verir. Radolphe önceleri kabul etsede kaçacakları gün gelip çattığında Emmaya bir mektup yazar ve ikisi içinde vazgeçmenin en iyisi olduğunu söyler. Charles bu mektubu yakalar. Buna rağmen hiçbirşey söylemez. Emma ise üzüntüsünden yataklara düşer. Cahrles karısının başında 45 gün onu iyileştirmek için uğraşır ve bu arada gelen hiçbir hasta ile ilgilenmez. Tüm bu sıkıntılar içerisinde para sıkıntısı da çekmeye başlarlar. Alınan ilaçlar yüzünden Homais'e borçlanırlar. Evin hizmetçisi ise harcamaları dikkatsizce ve bolca yapar. M. Lheureux sandık sandık malzemeler getirerek Charles’ı kendisine borçlandırır ve sonunda 1200 Franklık senet imzalatır. Emma Radolphe’ninde kendisini terketmesi üzerine artık dine sarılır, papazlarla içli dışlı olur, yatağına okunmuş sular serptirir. Aşırı dercede iyilik yapmaya başlar, yoksullara elleriyle elbise dikmeye başlar, yoldan geçen açları evinde doyurur olur. Gelen giden komşularına ve kilise ziyaretlerine daha fazla önem vermeye başalar. Emma zamanla iyileşir, Homais birgün Charles’a karısını tiyatroya götürmesinin ona iyi geleceğini söyler. Tiyatroda Leon'la karşılaşırlar fakat bu kez Leon artık Emmayı bırakmak istememektedir. Emma da bu isteği onaylar. Emma nota dersleri alma bahanesiyle Leonun evine gitmeye başlar ve bu kaçamaklar gittikçe artar. Leon'un yanından döndüğü bir gün kayınpederinin öldüğünü öğrenir. Bu ölüm, para tüccarı Lheureux’u hareket geçirir. Lheureux Emma'ya bir çok şey satmaya çalışır. Emma parası olmadığını söylediğinde, ona paranın önemli olmadığını artık bir miras sahibi olduğunu söyler. Emma onun sözleriyle hareket ederek Charles’ın elinden babasından kalan bütün mirası alır ve Charles'tan habersiz harcamaya başlar. Bir gün Emma ile Leon kol kola bir otelden çıkarlarken Lheureux’a yakalanırlar. Lheureux bunu bir tehdit olarak kullanır ve Emmanın elinden tüm mallarını alarak onu kendisine borçlu hale getirir. Hatta bu borçlar yüzünden Emmanın evine haciz gelir. Başta Charles'ın muayehanesindeki araçlar olmak üzere herşeye el konulmaya çalışılır. Emma Leon'a herşeyin satılacağını anlatır ve ondan yardım ister. Fakat Leon'dan borçlarının ödenmesi için gerekli parayı bulamaz. Daha sonra yolda Homais'i görür. Durumu onada anlatır, fakat ondan da beklediği yardımı göremez. Eve malları almaya gelen noterden yardım isteyen Emma, ondan da ahlaksız teklifler alır. En son Radolphe’den de beklediği yardımı göremeyince eve döner. Bu arada Charles eve gelir, olanları öğrenir, çok üzülür ve oturup Emma'yı bekler. Fakat Emma eve gelmeden önce Eczaneye uğrar ve zehir alır ve içer. Eve gelir gelmez yatağa uzanır. Cahrles neyi olduğunu sorunca ona cevap vermez. Kısa bir süre sonra Emma kusmaya başlar. Charles olanları anlayınca bağırarak yardım ister. Fakat çoktan Emma'nın ciğerlerinden kan gelmeye başlamıştır. Charles herkesi yardıma çağırır. Homais Emma'nın midesini temizlese de tüm çabalara rağmen Emma ölür. Bu ölümden sonra Charles Emma'nın bugüne kadar sandıkta gizlediği mektupları bulur fakat ona yakıştıramadığı için platonik aşklarıdır diyerek kendini avutur. Onun bu zayıf durumundan yaralanmak isteyen çevresindekiler, onu ödeyemeyeceği borçların altına sokarlar. Tüm bu sıkıntıların içerisinde Charles kızı Berte'nin sevgisine sarılır. Charles bitmeyen borçları ödemeyle uğraşırken bir gün çardağın altındaki kanepede ölü bulunur. Cahrles’a otopsi yapılır fakat ölüm sebebi bulunamaz. Charles’ın öldüğü yıl annesi de vefat eder. Berte'yi çok yoksul bir akrabası yanına alır. Ve onu pamuk ipliği fabrikasına çalışmaya yollar. Charles Bovary den sonra Yanvilleye üç doktor daha gelir. Fakat Homais meslektaşlarının hiçbirine göz açtırmaz hatta kendisine nişan verilir.